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Este archipiélago está formado por tres islas, la de Monteagudo o Illa Norte, la Do Faro o Illa do Medio y la de San Martiño o Illa Sur.

La isla de Monteagudo está separada de la costa de cabo Home, en la península del Morrazo, por el canal Norte, y la isla de San Martiño está separada de la costa de cabo Santoulo (monte Ferro) por un estrecho conocido como Freu da Porta. Mientras, la isla do Faro ha acabado unida a la isla Norte por una acumulación de arena en la parte interior del archipiélago, en la cara este de las islas, que forma la playa de Rodas, de 1.200 metros. Al subir la marea, el agua pasa entre las dos islas por la cara oeste y, taponada por la playa, se llena la laguna formada entre el arenal y las rocas. El pico más alto se encuentra en la zona norte de la isla de Monteagudo, en el Alto das Cíes, de 197 metros de altitud y tiene una superficie emergida de 434 hectáreas.

Su formación geológica es de finales del Terciario, cuando se produjeron los hundimientos de algunas partes de la costa, con lo que penetró el mar y se crearon las rías. Todas las islas atlánticas son las cumbres de las sierras costeras que quedaron parcialmente bajo el mar y están formadas casi en su totalidad por piedra granítica.

Las tres islas son montañosas con una cara oeste abrupta, con acantilados casi verticales de más de 100 metros y numerosas cuevas (furnas) formadas por la erosión del mar y el viento. La cara este tiene laderas algo más suaves cubiertas por bosques y matorral y se encuentra protegida de los vientos atlánticos, lo que permite la formación de playas y dunas.

Las borrascas atlánticas pasan sobre las islas, descargando al chocar con la costa, por lo que las Cíes reciben más o menos la mitad de lluvia que el resto de la costa de las Rías Bajas