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Da primitiva campanha de obras subsistem ainda numerosos elementos, assim como é também de finais do século XV o aspecto geral exterior do templo. No seu conjunto, constitui um dos mais interessantes testemunhos das múltiplas influências que caracterizam o tardo-gótico nacional, desde o portal gótico inserido num alfiz delimitado por pilastras com pináculos, até aos ajimezes ou janelas duplas de arcos ultrapassados, tipicamente mudejares, passando pela marca arquitectónica e decorativa da platibanda rendilhada corrida a toda a largura do edifício. Radicando ainda no Gótico flamejante da Batalha, a obra de Santa Clara de Beja é um dos principais capítulos no período de transição para o que se convencionou designar por Manuelino.
Do ponto de vista cultural, o convento haveria de se revelar particularmente importante na segunda metade do século XVII, altura em que foi professa na instituição a soror Mariana Alcoforado, autora das célebres "Cartas portuguesas".
No Convento, funciona actualmente o Museu Regional Rainha Dona Leonor.