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À l’origine, la ville occupait la rive droite de la Seine. Aujourd’hui, elle inclut largement la rive gauche (quartier Saint-Sever en particulier, au sud du fleuve) et inclut également l’île Lacroix. Au nord de la ville, la région très vallonnée est dominée par le plateau où se situent de nombreuses villes satellites qui, entourant toute la cité, forment l’agglomération rouennaise.
La Seine représente 179 ha de la superficie de la commune. Il y a 306 ha d’espaces verts, 210 km de voies dont 16 km de pistes cyclables et 8 km de rues piétonnes dont les entrées sont souvent réglementées par des bornes escamotables.
Le port de Rouen a été l'un des plus importants ports de France pour l'importation des agrumes et fruit tropicaux. Dans la deuxième moitié du XIXe siècle, suite à la destruction de la quasi totalité des vignobles français par le phylloxéra de la vigne, l'activité portuaire a grandement augmenté en recevant la production vinicole de l'Algérie.
La transformation du port a permis d'en faire le premier port européen exportateur de céréales. Un terminal pour containers a aussi trouvé sa place dans l'activité moderne du port.